Die Gründung des Gartens geht auf das Jahr 1763 zurück. Damals wurde er zwischen Collegiengebäuden (heute Universitätshauptgebäude) und Stadtmauer von dem Magister Samuel Gustav Wilcke als ...
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"hortus medicus" (Arzneipflanzengarten) angelegt. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurden unter Prof. Julius Münter Pläne vorangetrieben den Garten zu verlagern. 1886 konnte so auf einer 2 Hektar großen Fläche zwischen Soldmann- und Grimmer Straße die neue Gartenanlage fertiggestellt werden.
